韓国のチョ・ミョンホ大統領は、北の物理学者キム・ミョングク博士の亡命を助けようとするが、謎の勢力がそれを妨害。キム博士の姿は表舞台から忽然と消える…。3年後、新型エネルギー開発の完成が迫る中、大統領は対テロ対策のためNTSを組織し、局長にクォン・ヨングァンを任命。NTSの要員となったイ・ジョンウはイタリアでの任務を命じられる。パートナーはジョンウが秘かに思いを寄せるユン・ヘインだった…。
ヘインはジョンウに冷たく接するが、ジョンウは彼女に惹かれていく一方だ。その後、ジョンウは国情院への復帰をクォン局長に頼み込み、認められるが、配属されたのはヘインと同じ広報館だった。案内員としてうまく立ち回れず、ヘインの前で恥をかくジョンウ。何とか手柄を立てようと、要員のキム・ギスからの情報を得てロシアマフィアのヴィクトルの現場に潜入。ボスは取り逃がすが、そこで元恋人ハン・ジェヒと再会する…。
ヴィクトルがジェヒへの復讐を果たそうとしていることに気づいたジョンウは、間一髪でジェヒを助ける。このことがあってから、クォン局長はジョンウを再びNTSに呼び戻し、アルジェリアでのテロリスト追跡の任務を命じる。ジョンウは任務の相棒がギスと知り愕然とするものの、仕方なく2人でアルジェリアへ向かう。そして、入手した情報を頼りにイタリアに渡ったジョンウらは、韓国人女性スヨンと出会うが…。
スヨンは実は大統領令嬢だった。間もなく彼女が拉致される事件が発生。ジェヒらNTS要員がイタリアに入り、指揮本部を設置。犯人との交渉のために秘密要員としてヘインが派遣されてくる。彼女は犯人側と交渉し、彼らがキム博士の引き渡しを求めていると伝える。状況を打破するため、NTSはやむなくDIS(アメリカ国家情報局)に支援を要請する。作戦の指揮権をDISに奪われ、ジョンウたちは、不満を募らせる…。
ソン・ヒョクらDIS要員たちはVIP救出作戦を開始。ジョンウ、ジェヒ、ギスもスヨンが監禁されている場所に向かう。だが、ギスのミスで拉致犯たちとの全面対決が始まる。激しい銃撃戦の末、スヨンは無事に救出される。作戦終了後、ヘインを誘ってデートに出かけるジョンウ。しかし、その途中でヘインは突然失踪する。ソウルに戻ってもジョンウはヘインを探し続けるが……。やがて、ヘインがNTS要員として現れる…。
ヘインはキム博士に関する機密情報を取り出すためにサーバー室に忍び込むが、保安要員に見つかってしまう。そのとき、彼女がとった行動とは…?NTS内で起こった殺人事件の捜査が開始されるが、アリバイのないヘインに疑惑が浮上。ソン・ヒョクらの工作により彼女の疑いは晴れるものの、クォン局長はヘインに不信感を抱く。そんな中、NTSはキム博士の保護を強化するため博士を新たな保護施設に移送するが……。
死んだはずのキム博士が実はNTSの協力で日本に避難していると知ったソン・ヒョクは、博士を拉致しようとメンバーに指示を出す。一方、クォン局長はジェヒにソン・ヒョクの監視を命じ、敵対勢力への警戒を強める。そんな中、キム博士について探っていたヘインは正体を怪しまれ、再び“アテナ”との関連について調査される。さらにクォン局長は、キム博士の拉致が日本で行われるBoAの公演と関係があるという情報を得る…。
BoAを警護する名目で日本に向ったジョンウとNTS対策班は、キム博士と新型エネルギーの主要部品であるSNCの捜索に奔走する。NTSの捜査網がヒョクの本拠地に迫っていることを知ったヘインは、それをソン・ヒョクに伝えようと試みるが…。そんな中、SNCがある場所をいち早く突き止めた要員のキム・ジュノは、ジョンウに連絡すると単身で現場に乗り込む。激しい銃撃戦の末、彼らはSNCの奪還に成功するが…。
テロ犯によって人質にとられたヘインを助けるために、ジョンウはNTSからSNCを持ち出すことを決断する。ジェヒらはキム博士と犯人の行方を突き止めるために、ジョンウの追跡を続ける。しかし、激しい戦いの中で、SNCを守ることはできるがキム博士が犠牲になってしまう…。単独行動に走ったジョンウと、彼を手助けしたギス、犯人の人質となったヘインは特別調査委員会によって取り調べを受けることになるが…。
SNCを入手できずに終わったソン・ヒョクとヘインはハワイの本部に呼び出される。一方、クォン局長はソン・ヒョクに関する調査をジェヒに命じ、SNCを無断で持ち出そうとしたジョンウに職務停止処分を下す。だが、キム博士の死に納得できないジョンウは単身日本に飛び、博士が残した暗号からメッセージを抽出する。そんな折り、ヘインがやってくる。ジョンウは喜ぶが、その裏に秘められた真の目的を彼は知らなかった…。
ジョンウと日本で穏やかな時間を過ごした後、ヘインは突然彼に別れを告げる。だが、ジョンウには彼女の変化の理由が分からなかった…。一方、ジョンウはキム博士が残した暗号を解読し、北朝鮮の新型エネルギーに関する機密情報を手に入れる。その頃、ソン・ヒョクの正体を疑ったDIS本部は、彼の逮捕命令を出していた。DISとNTS、二つの組織から追われることになったソン・ヒョクは逃走中、負傷してしまうが…。
ジョンウはソン・ヒョクが身を隠した場所へ密かに近づくが、そこに現れたのは、ソン・ヒョクに銃を突きつけながら出てくるヘインだった。一方、クォン局長はソン・ヒョクの逮捕事実をDISに隠したまま、ジョンウ、ジェヒ、ジュノに彼の極秘捜査を命じる。ソン・ヒョクを通じてNTS内に潜むスパイを探すジョンウらは、ソン・ヒョクの所持品から、若い頃のソン・ヒョクと幼い女の子が写った1枚の写真を発見するが…。
ヘインの正体を知ったジョンウは怒りをあらわにしながらも彼女を逃がしてしまう。ヘインは海辺の民宿に身を隠し、自殺を図る。駆けつけたジョンウによって命を取り留めたヘインは、ソン・ヒョクとの関係について打ち明ける。しかし、一瞬の隙に彼女はソン・ヒョクに連れ去られてしまう。一方、NTSは青瓦台に潜むアテナの動きを察知。青瓦台をくまなく捜査し、ついにアテナ要員を発見するが、それは意外な人物だった…。
ヘインはソン・ヒョクにアテナとの関係を断つよう訴えるが、彼はアテナの要員と作戦の準備を着々と整えていた。一方、NTSはアテナの陰謀を暴こうと必死になっていた。そんな中、ヘインからのメールで、ジョンウはアテナの陰謀が大統領を狙ったテロであることを知るのだった。ジョンウとジュノは間一髪のところで現場である仁川大橋に駆け付けた。そして橋の真ん中でソン・ヒョクと正面から対決をすることに…。
ジョンウが銃口を向けた瞬間、橋から川へと身を躍らせるソン・ヒョク。一方、アテナからの逃亡を試みたヘインは、アテナの秘密基地を調査していたジェヒに逮捕されてしまう。ヘインは取り調べに素直に協力するが、ジョンウはどうしても彼女の裏切りを許せない。ヘインを奪われ、徐々に迫るNTSの捜査網に危機感を覚えたアテナはこの状況を打開するため、爆発物を隠し持ってNTSへ入ると、管理室を占拠する…。
全身に爆弾を装着したアンディらアテナがNTSを占拠する。彼らの要求はヘインを取り戻すことだった。ヘインはNTSを救うため、自ら名乗り出る。そしてアンディは爆弾をジェヒの体に装着すると、ヘインを連れて逃亡するのだった。ソン・ヒョクのいる場所に連れていかれたヘインは、彼に対する気持ちが離れたことを打ち明ける。そこにジョンウとギス、チーム長ソンチョルが駆け付け、激しい銃撃戦となるが…。
ソン・ヒョクはNTSにテロを予告する。クォン局長はアテナを知り尽くしているヘインを捜索チームに参加させる。やがてソン・ヒョクが定めたテロの標的が明らかになるが…。一方、北では脱北した元要員らの粛清が始まっていた。パク・チョリョンからキム・ソンファを守るように言われたギスは、急ぎニュージーランドの彼女のもとへ。しかし、不運にも彼女の家族は殺され、彼女は復讐の決意を固めるのだった…。
ジョンウたちはアテナの秘密基地に突入するが、ソン・ヒョクは姿を消した後だった。しかし彼は作戦遂行に失敗したとしてアテナから指揮権を剥奪される。代わって本部はフィリップを送り込むが、ソン・ヒョクはアンディらとともにフィリップと傭兵たちを殺害する。NTSの捜索で、彼らがミサイルを保有し、大規模テロを準備していることが明らかになる。彼が狙う本当の標的は何なのか、ジョンウらは必死で捜査するが…。
アテナの新たなテロの標的がわからないまま、ソン・ヒョクを追うジョンウ。慶州にソン・ヒョクが現れたという情報を入手したNTS要員たちは、急ぎ彼を追う。やがてソン・ヒョクはヘインの滞在するホテルにやってきて、慶州を離れるよう警告するが…。ジェヒはミサイルを搭載していると見られるトラックを発見し、ひとりで彼らの新しいアジトを突き止める。テロを未然に防ぐべく、彼女はソン・ヒョクに銃を向けるが…。
アテナの撃った銃弾でジェヒが倒れる。彼女は、瀕死の状態ながら、必死にジョンウに情報を伝えようとするが…。一足遅く駆けつけたジュノは、変わり果てたジェヒの姿に呆然となる…。ジョンウはテロの阻止には成功したものの、ソン・ヒョクを逃がしてしまう。今や理性を完全に失ったソン・ヒョクは、自分の人生すべてを賭けた最後の戦いに挑もうとしていた。その彼に対して、ジョンウも決死の覚悟で立ち向かう…。